Phú Yên có hệ thống các trường đại học (Phú Yên, xây dựng số 3) đào tạo 300 SV, Cao đẳng (Công nghiệp) mỗi năm đào tạo khoảng 1200 học viên, 1 chi nhánh học viện ngành tài chính ngân hàng đào tạo trên 300 học viên và các trường và trung tâm đào tạo nghề (mỗi năm đào tạo khoảng 1.400 kỹ thuật viên và trên 800 công nhân có tay nghề cao - từ bậc 3/7 trở lên).

Các trường

Hệ Đại học:

• Đại học Phú Yên
• Đại học Xây dựng Miền Trung
• Học viện Ngân hàng - Phân viện Phú Yên

Hệ Cao đẳng:

• Trường Cao đẳng Nghề Phú Yên
• Trường Cao đẳng Công nghiệp Tuy Hoà
• Trường Cao đẳng Y tế Phú Yên